Des fouilles effectuées en 1935, au Nord de la Ville, ont révélé l'existence de nombreuses tombes mérovingiennes (6e-7e siècles), le long de l'ancienne voie romaine venant d'Avolsheim. La première mention de « Mollesheim » n'apparaît que vers 820, dans un acte de donation de vignes de l'évêque Adaloch, en faveur du Chapitre de Saint-Thomas.
Parce que les évêques de Strasbourg y possédaient des biens, il en résulta des conflits entre eux et les empereurs germaniques, querelle qui se termina en 1308, au profit de l'évêque Jean de Dirpheim. C'est lui qui fit agrandir le premier mur d'enceinte datant du milieu du 13e siècle.


Le « Grand Siècle » a été la période qui a suivi la Réforme luthérienne. Chassés par le Magistrat de Strasbourg, les chanoines de la Cathédrale vinrent trouver refuge derrière les fortifications de Molsheim en 1605; ils furent précédés par différents ordres religieux: les Jésuites et les Bénédictins, dès 1580, les Chartreux en 1598, suivis par les Capucins en 1657. C'est ainsi que la cité épiscopale devint au début du 17e siècle le centre de la Contre-Réforme en Basse-Alsace: les religieux de Molsheim s'employèrent à combattre la « nouvelle doctrine » par la prédication, l'enseignement et la formation de jeunes prêtres.


La Révolution mit fin à la société d'Ancien Régime et marque l'entrée de la ville dans l'ère industrielle (ateliers Coulaux). Chef-lieu d'arrondissement après 1870, Molsheim a vu ses activités se diversifier au cours du 20e siècle grâce, en particulier, à l'implantation des usines du constructeur automobile Ettore Bugatti (1881-1947).

Texte de Gregory Oswald